Wychodząc naprzeciw oczekiwaniom naszych klientów wprowadziliśmy do oferty usługę związaną z uniwersalną identyfikacją bakterii oraz grzybów. Badanie to polega na identyfikacji genu 16S rDNA, który jest wspólny dla wszystkich bakterii oraz genu 18S rDNA wspólnego dla wszystkich gatunków grzybów. Geny 16S i 18S wykazują wysoką zmienność miedzy gatunkami co umożliwia ich rozróżnienie.

Metoda, którą wykorzystujemy oparta jest na sekwencjonowaniu metodą Sangera produktu amplifikacji uzyskanego standardową techniką PCR z zastosowaniem specyficznych par starterów. Jako matrycę w reakcji PCR wykorzystujemy DNA kolonii bakteryjnej lub grzybiczej z nadesłanego materiału badawczego (płytki agarowej lub inokulum). Otrzymane wyniki porównywane są z bazą danych i na ich podstawie następuje identyfikacja co do rodzaju, a nawet gatunku badanego szczepu.

Usługa ta skierowana jest do laboratoriów specjalizujących się w branży spożywczej, przemysłowej, kosmetycznej, farmaceutycznej, a także instytucji naukowo – badawczych.

Zastosowana technologia jest najszybszą i bezpośrednią metodą identyfikująca jednoznacznie mikroorganizm na podstawie analizy kodu genetycznego.

• Przykład identyfikacji bakterii metodą sekwencjonowania:

W otaczającym nas środowisku występuje wiele chorobotwórczych bakterii, które nie tylko powodują określone jednostki chorobowe, ale też mogą stanowić źródło skażenia w przemyśle spożywczym. Przykładami mogą być tutaj znane bakterie E. coli, Staphylococcus aureus, czy też Yersinia enterocolitica. Wymienione mikroorganizmy mogą być obecne w żywności i przedostać się do zakładów produkcyjnych, zajmujących się ich przerobem.

Przy niedostatecznej kontroli czystości na halach produkcyjnych może dojść do skażenia produktów, a w konsekwencji do zatruć pokarmowych wśród konsumentów. W celu uniknięcia podobnych sytuacji można rozszerzyć zakres wewnętrznej kontroli poprzez pobranie surowca do badań mikrobiologicznych.

Uzyskane w hodowli jednolite kolonie bakteryjne mogą być w prosty sposób zidentyfikowane czułą metodą opartą na sekwencjonowaniu genu 16S uniwersalnego dla wszystkich bakterii.

Innym istotnym warunkiem zapewnienia czystości środowiska pracy jest monitoring klimatyzacji. Filtry urządzeń klimatyzacyjnych są skupiskiem wielu gatunków grzybów, wśród których duże znaczenie diagnostyczne mają grzyby z rodzaju Fusarium, czy tez Aspergillus. Zarodniki tych grzybów stanowią istotne zagrożenie dla zdrowia człowieka.

Dlatego tak ważne jest sprawdzanie czystości tych urządzeń. W tym celu wystarczy jedynie pobrać materiał z powierzchni filtrów i hodować na odpowiednich podłożach. W celu identyfikacji rodzaju grzyba wykorzystuje się metodę sekwencjonowania opartą na analizie genu 18S uniwersalnego
dla wszystkich grzybów.

W przypadku pytań prosimy o kontakt e-mail: sekwencjonowanie@cbdna.pl