Różnicowa analiza ekspresji genów

DGE (Differential Gene Expression Analysis)  obejmuje pomiar genów, których ekspresja różni się w zależności od fenotypu lub warunków eksperymentalnych. Niektóre analizy DGE mierzą nie tylko zmienność, ale także zależności między genami. Wymaga to analizy statystycznej dużej liczby genów, izoform i alternatywnych zdarzeń splicingowych. Obecne metody analizy danych RNA-Seq obejmują te, które określają ilościowo ekspresję w granicach wcześniej opublikowanych genów oraz metody opracowane w celu rekonstrukcji transkryptów pełnej długości.

ChIP-Seq to technika identyfikacji loci DNA związanych przez określone białko. Standardowy wynik analizy ChIP-seq obejmuje wywołanie piku i wzbogacenie motywu w miejscach wiązania.