Mapowanie transkryptomu

Znaczenie i zastosowania w medycynie oraz terapiach genetycznych

Transkryptom, czyli całkowity zasób RNA transkryptów w komórce, dostarcza cennych informacji o funkcjonalnym stanie komórki. Badania transkryptomiczne umożliwiają badaczom precyzyjne zrozumienie, jak geny są regulowane i ekspresowane, co ma kluczowe znaczenie dla zrozumienia różnych chorób, w tym tych o podłożu genetycznym. W artykule tym, omówimy znaczenie mapowania transkryptomu oraz jego zastosowania w medycynie i terapiach genetycznych.

Wprowadzenie

Transkryptom, będący kluczowym składnikiem funkcji genetycznej, odgrywa niezwykle istotną rolę w medycynie, zwłaszcza w kontekście chorób genetycznych. Genom człowieka składa się z około 20,000-25,000 genów kodujących białka, jednakże to właśnie różnorodność transkryptomu determinuje unikalne cechy biologiczne poszczególnych typów komórek. Transkryptom obejmuje wszystkie produkty transkrypcji genów, włączając w to zarówno kodujące RNA, jak i niekodujące RNA. Rozumienie, jak geny są regulowane i jak są ekspresowane, jest kluczowe dla zrozumienia wielu aspektów biologii komórek, w tym chorób genetycznych.

Metodyka badania transkryptomu

Mapowanie transkryptomu, czyli proces identyfikacji i kwantyfikacji wszystkich transkryptów RNA w danej próbce, jest kluczowym narzędziem w badaniach genetycznych. Sekwencjonowanie RNA (RNA-seq) jest obecnie najczęściej stosowaną techniką do badania transkryptomu. RNA-seq generuje ogromne ilości danych, które wymagają odpowiednich technik analizy.

Wykorzystujemy również metody kwantyfikacji oparte na RPKM (Reads Per Kilobase of transcript, per Million mapped reads) i FPKM (Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads), które pozwalają na porównywanie ekspresji genów między różnymi próbkami. Te metody normalizują ilość danych na jednostkę długości genu i wielkość biblioteki sekwencjonowania, co umożliwia porównywanie danych ekspresji genów między różnymi próbkami.

Znaczenie mapowania transkryptomu w medycynie

Badanie transkryptomu ma istotne zastosowanie w medycynie, zwłaszcza w kontekście chorób genetycznych. Może pomóc w zrozumieniu, które geny są nad- lub niedo-ekspresowane w danej chorobie, co z kolei może prowadzić do identyfikacji nowych markerów choroby i potencjalnych celów terapeutycznych. Na przykład, analiza transkryptomiczna pozwoliła na identyfikację nieprawidłowości w ekspresji genów w różnych typach raka, co z kolei doprowadziło do opracowania nowych terapii ukierunkowanych na te geny. Mapowanie transkryptomu również odgrywa kluczową rolę w precyzyjnej medycynie, umożliwiając lepsze dopasowanie terapii do indywidualnych pacjentów.

Podsumowanie

Mapowanie transkryptomu, dzięki swoim zaawansowanym technikom analitycznym, takim jak RPKM i FPKM, umożliwia badaczom głębokie zrozumienie regulacji genów i ich ekspresji, co ma zasadnicze znaczenie dla rozwoju leczenia chorób genetycznych. W miarę jak technologia postępuje, przewiduje się, że znaczenie mapowania transkryptomu będzie nadal rosło, dostarczając coraz więcej informacji niezbędnych do zrozumienia i leczenia chorób genetycznych.

Oferta usług mapowanie transkryptomu:

Nasze Laboratorium Molekularne oferuje wszechstronne usługi związane z mapowaniem transkryptomu. Nasz wysoce wyspecjalizowany zespół wykorzystuje najnowocześniejsze techniki i oprogramowanie, aby zapewnić precyzyjne i rzetelne wyniki.

Nasz proces rozpoczyna się od eliminacji odczytów o niskiej jakości oraz tych, które zawierają sekwencje adaptera. Wykorzystujemy najnowocześniejsze narzędzia do czyszczenia danych, aby zapewnić, że tylko najwyższej jakości dane są używane do dalszej analizy.

Następnie przeprowadzamy mapowanie do genomu referencyjnego, które jest niezbędne do dalszej analizy.

Po mapowaniu, przeprowadzamy identyfikację nowych transkryptów i określamy poziomy ekspresji genów. Wykorzystujemy pakiet oprogramowania Cufflinks do analizy wyrównanych odczytów i identyfikacji ekspresji genów. Oprogramowanie to pozwala na precyzyjne określenie ekspresji genów, co jest kluczowe dla zrozumienia mechanizmów molekularnych.

W naszym laboratorium identyfikujemy różnie wyrażone i znaczące geny z danych RNA-seq. Nasz pipeline obejmuje czyszczenie QC, usuwanie rybosomalnego RNA, a następnie mapowanie denovo lub referencyjne.

Wykorzystujemy również metody kwantyfikacji oparte na RPKM (Reads Per Kilobase of transcript, per Million mapped reads) i FPKM (Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads), które pozwalają na porównywanie ekspresji genów między różnymi próbkami.

Nasze usługi są dostępne dla klientów z różnych sektorów – od naukowców akademickich po firmy biotechnologiczne i farmaceutyczne. Gwarantujemy wysoką jakość, precyzję i poufność wszystkich przeprowadzanych analiz.

W celu otrzymania szczegółowej oferty na realizację projektu prosimy o kontakt z naszym biurem.