Analizy metagenomowe

Nasze laboratorium oferuje kompleksowe usługi analizy metagenomicznej, które obejmują sekwencjonowanie nowej generacji (NGS), montaż, adnotację i analizę statystyczną danych metagenomicznych. Wykorzystujemy techniki sekwencjonowania 16S rRNA, które pozwalają na ocenę różnorodności bakterii i wykrycie tysięcy różnych organizmów.

Jak wyglada procedura badania?

assembling (złożenie) i adnotacja: Przygotowujemy dane metagenomiczne poprzez procesy składania (assembling) i adnotacji. Assembling obejmuje składanie krótkich odczytów w dłuższe kontigi genomowe, a adnotacja polega na klasyfikacji sekwencji do znanych funkcji lub jednostek taksonomicznych. Wykorzystujemy zarówno assembling oparty na referencjach, jak i montaż de novo, w zależności od specyfiki projektu.
Analiza jakości odczytów sekwencji: Wykorzystujemy najnowocześniejsze narzędzia akademickie, takie jak DADA2 i Kraken2, do przetwarzania próbek i analizy jakości odczytów sekwencji. Nasze narzędzia są kompatybilne ze wszystkimi głównymi platformami sekwencjonowania, takimi jak Illumina i Pacific Biosciences.
Identyfikacja taksonów: Nasze laboratorium korzysta z najnowocześniejszych algorytmów uczenia maszynowego do szybkiej i dokładnej identyfikacji taksonów, aż do poziomu gatunku.
Obsługa baz danych: Zapewniamy pełną obsługę publicznych baz danych, umożliwiając klientom łatwy dostęp do najnowszych danych i informacji.
Wsparcie i doradztwo: Nasz zespół ekspertów jest dostępny, aby pomóc w każdym etapie procesu, od planowania projektu po interpretację wyników. Oferujemy również szkolenia i warsztaty z zakresu analizy metagenomicznej.
Bezpieczeństwo i prywatność: Gwarantujemy pełne bezpieczeństwo i prywatność wszystkich danych klienta. Wszystkie dane są przechowywane na bezpiecznych serwerach i są chronione najnowocześniejszymi technologiami szyfrowania.
Szybki czas realizacji: Dzięki naszej zaawansowanej technologii i doświadczeniu, jesteśmy w stanie zapewnić szybki czas realizacji dla wszystkich projektów, bez kompromisów w zakresie jakości lub dokładności.

Analiza metagenomiczna jest metodą badania genetycznego składu populacji mikroorganizmów z określonego środowiska, bez konieczności izolowania i hodowania indywidualnych gatunków. Metoda ta ma szereg zastosowań, od badań środowiskowych, przez medycynę, po rolnictwo.

W analizie metagenomicznej, DNA jest ekstrahowane bezpośrednio z próbek środowiskowych, takich jak gleba, woda, powietrze lub tkanki organizmów, a następnie jest sekwencjonowane. Ta metoda pozwala na identyfikację i charakterystykę zarówno kulturowalnych, jak i niekulturowalnych mikroorganizmów, które mogą występować w danej próbce.

Kluczowym elementem analizy metagenomicznej jest użycie zaawansowanych narzędzi bioinformatycznych, które pozwalają na przetworzenie, analizę i interpretację ogromnych zbiorów danych uzyskanych podczas sekwencjonowania.

Podstawowe etapy analizy metagenomicznej obejmują:

Sekwencjonowanie: Próbki są sekwencjonowane za pomocą technik, takich jak sekwencjonowanie nowej generacji (NGS). Zadaniem jest uzyskanie jak największej ilości odczytów DNA z próbki.
Przygotowanie danych: Odczyty są czyszczone i przygotowywane do analizy, co obejmuje usunięcie błędów sekwencjonowania, eliminację odczytów z organizmu gospodarza lub innych niepożądanych sekwencji.
Mapowanie/Assembling: Odczyty są albo mapowane do znanych sekwencji referencyjnych, albo są assemblowane w dłuższe kontigi bez użycia odniesienia.
Analiza: Ostatni etap obejmuje identyfikację mikroorganizmów, funkcji genowych i szlaków metabolicznych. Narzędzia bioinformatyczne mogą identyfikować rodzaje bakterii, wirusów, grzybów i innych mikroorganizmów, a także analizować geny, które te mikroorganizmy wykorzystują do przetrwania i interakcji ze swoim środowiskiem.

Pomocne w tym procesie są bazy danych genetycznych, takie jak NCBI, KEGG, IMG/M i wiele innych, które zawierają sekwencje referencyjne i informacje funkcjonalne używane do identyfikacji i charakterystyki mikroorganizmów i ich funkcji genetycznych.

Analiza metagenomiczna otworzyła nową erę w badaniach mikrobiologicznych, pozwalając naukowcom na odkrycie nieznanych wcześniej gatunków i funkcji mikrobiomu. Ta technika jest nadal intensywnie rozwijana i ulepszana, a jej zastosowania są coraz szersze.

Gwarantujemy profesjonalizm i poufność danych. Nasz zespół składa się z doświadczonych specjalistów, którzy zapewniają najwyższą jakość usług. Zapraszamy do kontaktu z naszym laboratorium, aby dowiedzieć się więcej o naszych usługach i omówić szczegóły projektu.

W celu otrzymania szczegółowej oferty na realizację projektu prosimy o kontakt z naszym biurem.