Metody diagnostyczne
PCR (Polymerase Chain Reaction)
Podstawową metodą diagnostyczną stosowaną w laboratorium Centrum Badań DNA jest PCR Reakcja ta umożliwia powielanie wybranych sekwencji DNA, charakterystycznych dla danego organizmu. Produkt reakcji PCR, fragment DNA o ściśle określonej długości, identyfikujemy w żelu agarozowym podczas rozdziału elektroforetycznego.
Wykrycie oczekiwanego produktu reakcji PCR, świadczy o obecności charakterystycznej sekwencji DNA i oznacza wynik pozytywny. W zależności od wybranych do powielania charakterystycznych sekwencji, możemy wykazać w próbce obecność DNA konkretnych mikroorganizmów, DNA wirusów czy parazytów, modyfikacji genetycznych, a także genów lub mutacji w genach sprzyjających procesom nowotworowym.
Real-Time PCR (reakcja PCR w czasie rzeczywistym)
Najnowszym osiągnięciem biologii molekularnej jest metoda analizy DNA – Real-Time PCR (reakcja PCR w czasie rzeczywistym). Oprócz wszystkich zalet klasycznej reakcji PCR, test DNA oparty na metodzie Real-Time PCR stwarza nowe możliwości.
Dzięki zastosowaniu barwników i sond fluorescencyjnych, Real-Time PCR umożliwia jednoczesne powielanie i wykrywanie charakterystycznych sekwencji DNA, co znacznie skraca czas uzyskania wyniku analizy. Ścisła zależność intensywności fluorescencji, wzrastającej w miarę zachodzenia reakcji PCR, jest skorelowana z ilością powstającego produktu. Umożliwia to przeprowadzenie pomiarów ilościowych i określenie przybliżonej liczby mikroorganizmów, wirusów czy zawartości procentowych GMO w badanych próbkach.
Sekwencjonowanie DNA
Aby poznać dokładną sekwencję nukleotydową – kolejność nukleotydów, które jednocześnie budują DNA i kodują w nim informację, stosujemy sekwencjonowanie DNA.
Metoda polega na rozdziale w kapilarze mieszaniny produktów o różnej długości. Każdy z produktów, otrzymanych w reakcji PCR, jest znakowany jednym z czterech możliwych barwników fluorescencyjnych. Identyfikacja barwników w rozdzielanych produktach, pozwala określić sekwencję nukleotydową badanego fragmentu DNA. Jest to bardzo przydatna technika w niektórych analizach genetycznych.
Mikromacierze DNA
Mikromacierze DNA to niewielkie szklane lub plastikowe płytki, na które naniesiono dużą liczbę sond molekularnych. Każda z nich jest specyficzna tylko dla jednego fragmentu genu. Zastosowanie tego typu płytek umożliwia analizę w pojedynczym eksperymencie praktycznie całego genomu badanego organizmu.
Mikromacierze DNA znalazły szerokie zastosowanie w medycynie, gdzie wykorzystywane są do poznawania mechanizmów chorobotwórczych oraz identyfikacji wskaźników pozwalających na ocenę ryzyka rozwoju chorób. Technika ta umożliwia postawienie dokładniejszej diagnozy i dostosowanie leczenia do indywidualnego przypadku pacjenta.